À partir des années 1840, les missionnaires catholiques (français) et protestants (anglais) travaillent à l'évangélisation des tribus kanaks. En 1864 une expédition militaire aux îles Loyauté est organisée pour mettre fin à l'influence anglaise protestante.

Le contre-amiral Febvrier-Despointes prend possession de l'île à Balade (nord) pour la France, le 24 septembre 1853, et le 29 septembre il négocie l'annexion de l'île des Pins avec le grand chef Vandegou.

De 1853 à 1877, il y a un mouvement de colonisation pionnière vers la Nouvelle-Calédonie. C'est sous l'influence des pères maristes que la France a décidé de coloniser cette lointaine terre du Pacifique.

Napoléon III décide en 1863 de créer le bagne de Nouvelle-Calédonie. Les « transportés » arrivent entre 1864 et 1897. En 1872, les déportés politiques de la Commune de Paris y sont envoyés. Ils y côtoient les déportés de la révolte kabyle de 1871. Libérés, ils peuvent obtenir des concessions de 4 hectares sur l'île.

En 1874, suite à l'évasion de six communards déportés dont Henri Rochefort, le gouverneur Gautier de la Richerie est remplacé par Léopold de Pritzbuër. Dans le décret du 12 décembre 1874 signé par Mac Mahon les pouvoirs du gouverneur sont étendus de même que ceux du directeur de l'administration pénitencière.

À partir de 1895, sous l'impulsion du gouverneur Paul Feuillet, on met fin au bagne et la colonisation libre est encouragée. Les colons européens reçoivent des terres pour produire du café tandis que l'immigration asiatique est encouragée pour l'exploitation minière qui débute en 1910.

Fait notable : la Nouvelle-Calédonie est, avec l'Algérie, la seule colonie de peuplement française. Les métropolitains y sont venus nombreux au point d'égaler le nombre des autochtones (on appelle « Caldoches » les métropolitains nés sur le territoire, alors que les immigrants sont dénommés « Zoreille »). Au fur et à mesure des vagues de colonisation, les Kanaks furent soumis au code de l'indigénat (qui n'est aboli qu'en 1946), ils n'ont jamais été mis dans des réserves. Frappée par les maladies, l'alcoolisme, et la sous-nutrition, la population autochtone, estimée à 100 000 personnes en 1853, n'en compte plus que 20 000 en 1920.